W latach 80. XX wieku podstawowym problemem firmy Carl Walther GmbH Sportwaffen był brak w ofercie nowoczesnego pełnowymiarowego pistoletu samopowtarzalnego. Opracowany jeszcze przed wojną P 38 był już konstrukcją przestarzałą, nowy P4 był pistoletem kompaktowym, a opracowany w drugiej połowie lat 80 pistolet P88 z powodu wysokiej ceny okazał się kompletną porażką rynkową.

4 stycznia 1994 roku rozpoczęto prace nad nowym pistoletem samopowtarzalnym. Nowy pistolet był pierwszym od kilkudziesięciu lat pistoletem Walthera z bezkurkowym mechanizmem uderzeniowym. Pierwsza prezentacja prototypu nowego pistoletu oznaczonego jako HLP (Hammer Less Pistol - ang. pistolet bez kurka) miała miejsce podczas targów IWA w 1995 roku.

Pistolet działa na zasadzie krótkiego odrzutu lufy, ryglowanie następuje za pomocą przekoszenia lufy w płaszczyźnie pionowej. Po wystrzeleniu z magazynka ostatniego naboju zamek zatrzymuje się w tylnym położeniu. Jak już wspomniano, broń posiada bezkurkowy mechanizm uderzeniowy, ze sprężyną uderzeniową działającą bezpośrednio na iglicę.

W pierwszej wersji P99 zastosowano mechanizm spustowy z samonapinaniem nazwany przez producentów Anti-Stress. Z wcześniej przeprowadzonych badań wynikało, że w stresie częste są przypadki mimowolnego ściągnięcia spustu o kilka milimetrów co może spowodować przypadkowy strzał. Problem ten rozwiązuje zastosowanie spustu o długiej drodze, ale wtedy problemem jest trudność w szybkim strzelaniu. Zastosowany w P99 mechanizm spustowy ma długą drogę przy pierwszym ściągnięciu (14 mm), ale przy następnych strzałach spada ona do 5 mm. W wersji P99 QA (Quick Action) zastosowano mechanizm spustowy z częściowym wyłącznym samonapinaniem (semi DAO), natomiast odmiana P99 DAO posiada mechanizm spustowy z wyłącznym samonapinaniem.

Broń zasilana jest nabojem 9x19mm Parabellum, zasilanie odbywa się z dwurzędowego magazynka o pojemności 16 naboi. Pistolet występuje również w wersji zasilanej nabojem .40 SW. Odmiana na nabój .40 SW posiada magazynek o pojemności 11 naboi. Nie zastosowano nastawnego bezpiecznika, broń posiada bezpiecznik spustowy oraz podwójny igliczny. Zastosowano wskaźnik obecności naboju w komorze nabojowej. Szkielet oraz rękojeść wykonane są z tworzywa sztucznego. Z tyłu rękojeści znajduje się elastyczna wkładka zmniejszająca odczuwalny odrzut broni. Standardową wkładkę można wymienić aby dostosować rękojeść do wymagań użytkownika.
Wykonane z tworzywa sztucznego stałe przyrządy celownicze składające się z muszki i szczerbinki ustawione są na 25m. Na przyrządach celowniczych znajdują się kontrastowe znaki ułatwiające strzelanie w warunkach słabej widoczności. Pistolety produkowane od 2004r posiadają przyrządy celownicze wykonane z metalu, uniwersalną szynę montażową Picatinny oraz magazynek o pojemności 15 naboi. Na podstawie standardowej wersji skonstruowano odmianę Walther P99 Compact o zmniejszonych wymiarach. P99 Compact zależnie od wersji posiada mechanizm spustowy z samonapinaniem, częściowym wyłącznym samonapinaniem lub wyłącznym samonapinaniem. Odmiana Compact zasilana jest nabojem 9x19mm Parabellum, zasilanie odbywa się z dwurzędowego magazynka pudełkowego o pojemności 11 naboi. Produkowany na licencji w Polsce przez Fabrykę Broni Radom (dawne ZM Łucznik)



Wersje
P99 AS - wersja z mechanizmem spustowym SA/DA
P99 DAO (dawniej oznaczana jako P990) - wersja z mechanizmem spustowym DAO
P99 QA - wersja z mechanizmem spustowym z wyłącznym częściowym samonapinaniem.
P99 C AS - wersja kompaktowa z mechanizmem spustowym SA/DA
P99 C DAO - wersja kompaktowa z mechanizmem spustowym DAO